Sungai Arau Garugu berpunca di kawasan perhutanan di Hutan Simpan Mukah Hills dalam Daerah Selangau, Sarawak iaitu lebih kurang 7.24 kilometer (4.5 bt) ke bahagian barat laut dari Nanga Arau. Aliran air Sungai Arau Garugu adalah kebanyakan menuju ke arah tenggara untuk menghampiri penamat. Setibanya di penamat, Sungai Arau Garugu akan membuat pertemuan dengan Sungai Arau dan terus mengalir ke Batang Mukah. Pertemuan dua sungai ini terletak di lebih kurang 5.45 km (3.39 bt) ke bahagian utara dari Nanga Arau.[1][2]

Sungai Arau Garugu mengalir sepanjang kira-kira 2.67 kilometer (1.7 bt) dari punca ke muaranya di Sungai Arau. Punca bagi Sungai Arau Garugu terletak di ketinggian di antara 440 dan 460 meter (1,443.6 dan 1,509.2 ka) dari atas paras laut manakala muara sungai bagi Sungai Arau Garugu pula terletak di ketinggian di antara 90 dan 120 meter (295.3 dan 393.7 ka) dari atas paras laut.[1][2]